Все файлы из фтп конечно тоже надо сохранять, если точнее, то папку templates, uploads ну и конечно же backup с самим бэкап файлом.
Чтобы сделать бэкап, нужно зайти в админку, далее "Список всех разделов", после "Управление базой данных", ну а там жмешь кнопку "Сохранить базу данных". Файл с сохранениями, как уже понятно, отправляется в папку backup.
Вот и все дела.